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Cours et corrigés de bio informatique pour licence de biologie

Contexte Dates Lieux Liens
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Introduction à la bio informatique

« Le financement de Ligan (8 M€) permettra d’installer des séquenceurs à haut débit de dernière génération sur la plateforme de séquençage lilloise, ce qui accélérera les recherches contre les maladies multifactorielles à composante génétique comme la maladie d’Alzheimer, le diabète ou certains cancers. Notre équipe, spécialisée dans le développement d'algorithmes pour l'analyse de génomes et de séquences biologiques, pourrait par exemple aider à la mise au point de nouveaux logiciels, en complément des logiciels standards existants. Nous serons là si besoin, prêts à apporter nos compétences méthodologiques. Cela pourrait en outre nous ouvrir des opportunités scientifiques, avec des applications propres au génome humain. »

2015

Hélène Touzet, responsable de l’équipe projet Bonsai, en soutien de l’Equipex Ligan pour d’éventuels problèmes d’analyse de données de séquençage

INRIA/Lille

Une présentation
2 Initiation à la bio informatique  2009/2010  Pr Mohamed GAD, Université d'Alexandrie, Egypte   Parties 1 & 2
Bio informatique génomique

.. La bio-informatique est une spécialisation de l'informatique dédiée au traitement de l'information biologique. C'est une discipline relativement jeune, qui a débutée dans les années 70, et s'est dèveloppée de façon plus intense avec le projet du génome humain au début des années 2000. La bio-informatique est un champ d'étude pluridisciplinaire où travaillent de concert biologistes et informaticiens sur la modélisation des phénomènes du vivant

... ce cours  est consacré à la bio-informatique. Il intéressera l'informaticien désireux d'en savoir plus sur cette discipline, qu'il soit simple curieux ou celui qui désire étudier ses questions fondamentales et les structures algorithmes qu'on utilise pour y répondre.

Il s'agit d'une introduction à l'algorithmique de la discipline. Ainsi, aucune notion de biologie n'est pré-requise
2014 

Professeur Nadia MABROUK, Université de Montréal 

Introduction au code génétique

Introduction à la bio-informatique

Alignement global et local de séquences :

- Algorithmes de programmation dynamique (pdf & ppt)

- Optimisations des algorithmes d'alignement (pdf)

Alignement multiple (pdf & ppt)

Recherche exacte de motifs((pdf & ppt)

Matrices de substitution (pdf)

Algorithmes de filtrage/BLAST(pdf & ppt)

Arbre des suffixes

Arbre des suffixes (pdf)

Algorithme hybride pour la recherche approchée (ppt)

- Alignement de génomes entiers (ppt)

Phylogénie

-Introduction (pdf & ppt)

Inférence phylogénétique (pdf & ppt)

- Consistance de la méthode de parcimonie (pdf)

Distances de réarrangement (pdf & ppt)

Familles de gènes (pdf & ppt)

Inférence d'ordres ancestraux(pdf & ppt)

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Cours et application

Le but de ce module est d'initier les étudiants à la bio informatique en leur faisant découvrir les connaissances, les techniques et les outils utilisés dans cette discipline 

 2015

 

Gilles HERAULT, Maître de conférence en bio informatique

 

Emmanuelo JASPARD, Biochimie

Université d'Angers 

 Présentation générale du module

 

La bio informatique : définition, description, démarche et principales étapes

 

La bio information : molécules support, types et obtention

 

Complément sur les acides aminés et la structure primaire des protéines

 

Complément sur les ponts disulfure

 

Le stockage de la bio information : les banques de données

Quelques formats de fichiers dans les banques de données

 

Algorithmes et programmes de comparaison de séquences

 

Les matrices de substitutions

 

Les méthodes de séquençage

 

Le séquençage du génome humain

 

Quelques éléments à propos de la thérapie génique

 

Les puces à ADN

 

Applications
1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 & 8

 5 Initiation à la bio informatique   2013 Colloque de l'INRA/France 

Introduction

 

Ressources et banques de données internationales

 

Comparaison et alignement de séquences

 

Accéder au calcul de hautes performance : Introduction à Linux & SGE

 

Une première boite à outil orienté séquence

 6 Cours d'autoformation
en bio informatique 
 

 

Université René Descartes

Un site 
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Conférence à l'Université de Chlef sur « La bioinformatique : Lorsque la nouvelle technologie épouse la biologie.»

"D’une manière générale, en Algérie, il y a peu de connaissances en biologie moléculaire et notamment génomique et cela, par rapport à des problèmes d’infrastructures et de matériel dans les laboratoires de recherche algériens. Le volet a été délaissé par les responsables concernés. C’est dans un souci de relancer ce domaine, afin de rattraper l’énorme retard accusé ces dernières années par rapport aux laboratoires étrangers, que nous avons décidé d’organiser ce workshop pour présenter à la communauté scientifique (enseignants, doctorants et magistérants) les principes de base de ce vaste domaine aussi bien du côté théorique que pratique" ..... »

2012 

Belhocine Mohamed 

Enseignant chercheur à l'Université de Marseille

 Une vidéo
 8 Base de données en bio informatique   2013

Maître de conférence en informatique médicale au laboratoire d'Informatique Médicale et de Bio-informatique, à Bobigny, Université Paris 13 

Cours

Les bases de données en bio informatique, versions 1 & 2

Faire des recherches dans une base de données (requêtes), versions 1 & 2 

Les principales bases de données en bio informatique, versions 1 & 2 

 

Examens

Enoncés n° 1 & 2 - Corrigés n° 1 & 2

         

 

images/Etudes_superieures/TC_biologie/2_annee/Ecologie/Bio3535/17B-cosepac.pdf

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